Historie klubu se začala psát v roce 1919, kdy se vodní pólo osamostatnilo od plaveckého oddílu. Hráči tehdy trénovali ve Vltavě nebo v dnes již zaniklém bazénu na Barrandově. Právě zde tým Spartak Motorlet Praha, jehož hráči později tvořili základní hráčský a trenérský kádr SK Slavia Praha (SKS), pod vedením trenéra Františka Steinera získal v roce 1961 titul mistra Československa ve vodním pólu. Dalším významným milníkem v historii klubu bylo otevření plaveckého areálu v Edenu koncem roku 1976. Nejprve byl zahájen provoz krytého 25m bazénu a v roce 1979 byl otevřen i venkovní areál s 50m bazénem. V období Československa hrála SKS vodní pólo zpočátku Českou národní ligu, protože československá byla většinou zastoupená kluby ze Slovenska. Vítězstvím v této České lize se nakonec podařil postup i do tehdejší nejvyšší soutěže.

SKS vždy, jako jeden z mála klubů, obsazoval všechny věkové kategorie, které byly Českým svazem vodního póla vypisované. Bylo to možné díky tréninkovým možnostem, které náš oddíl vodního póla získal ve vlastním sportovním areálu. Poslední tituly Mistra ČR vybojovaly naši muži v roce 2014 a 2016.